Si avvicina alla panchina accettando di allenare il Cinisi, una squadra di dilettanti di un paese alla periferia di Palermo.

Allena poi il Bacigalupo, il Carini, il Misilmeri e l'Esacalza.

Nel 1974 grazie all'intervento dello zio entra nelle Giovanili del Palermo che allena fino al 1983. Nel frattempo si iscrive al Supercorso di Coverciano (1978) dove ottiene il patentino di allenatore di Prima Categoria nel 1979. Nel 1983 il presidente del Licata, Giuseppe Alabisio, decide di assumere il tecnico Boemo dopo aver visto lo spumeggiante gioco praticato dalla squadra da lui allenata. Zdenek accetta l'incarico e inizia così la sua scalata al successo.

Dodicesimo nel girone D della serie C 2 il primo anno, ottiene la promozione l'anno successivo. Straordinario il suo tabellino:
in 34 partite ottenne 15 vittorie, 14 pareggi e solo 5 sconfitte; 58 gol realizzati contro i 30 subiti.

Nel campionato 1985/86 si salva piazzandosi al dodicesimo posto del girone B della serie C 1.

Nel 1986 i fratelli Casillo assumono come consulente del Foggia Giuseppe Pavone, che affascinato dai metodi rivoluzionari del Boemo lo consiglia per la panchina pugliese.

Allena il Foggia nel 1986/87 nel campionato di C1 ma viene esonerato alla ventisettesima giornata in quanto, secondo il presidente Casillo, si è già accordato con il Parma.

Si trasferisce nel club emiliano, quell'anno in serie B, ma la sua esperienza dura solo sette giornate. Il suo esonero però non avviene prima però della vittoria sul Milan in Coppa Italia (ai rigori).

Richiamato in Sicilia nel 1988 allena in serie B il Messina, dove conquista l'ottavo posto e scopre il futuro campione delle Notti Romane dell'estate del 1990: Totò Schillaci, capocannoniere della serie cadetta con 23 gol.

Il Foggia neopromosso in serie B, pentitosi per averlo mandato via, lo richiama a se' nel 1989: nasce così il "Foggia dei miracoli" con il presidente Casillo, il direttore sportivo Pavone ed il mister Zeman.

Acquistano Manicone dal Palermo, Nunziata dal Pavia, Rambaudi dal Perugia e Signori dal Piacenza.

Riscoperto attaccante dal Tecnico, il centrocampista Giuseppe Signori lo ripaga segnando 14 reti, contribuendo così al raggiungimento dell'ottavo posto.

Ma è l'anno successivo, nel campionato 1990/91, che  dopo l'acquisto di Ciccio Baiano il mister con un calcio spettacolare affidato all'intoccabile 4-3-3 conquista l'agognata promozione in serie A. Questi i numeri della trionfale stagione: 38 partite, 51 punti, 67 gol, ma soprattutto il primo posto in classifica.

Allena la squadra pugliese per 3 anni in serie A conquistando, contro ogni previsione che lo voleva subito retrocesso, un nono, un undicesimo ed un nono posto sfiorando la qualificazione in Coppa Uefa.

Si deve a lui la scoperta per il campionato Italiano di giocatori come i già citati Signori e Baiano, Rambaudi, i russi Shalimov e Kolivanov, il rumeno Petrescu, l'argentino Chamot e Padalino, che fa esordire nel Foggia contro il Torino a 17 anni.

1994: è l'ora di trasferirsi a Roma. Il presidente della Lazio, Sergio Cragnotti, decide di puntare sul tecnico per portare la Lazio al "tavolo delle grandi"; dopo anni di grigiore calcistico è la via del bel gioco quella che secondo Cragnotti porta in Paradiso.

Zdenek ritrova a Roma il suo pupillo Signori e convince il Patron a portare nella Capitale anche l'argentino Chamot e Rambaudi.

Nonostante il passaggio ad una squadra con maggiori ambizioni il mister non cambia i sistemi di allenamento, la filosofia è sempre la stessa: è solo con il lavoro che si possono ottenere dei risultati.

La prima Lazio di Zeman viene penalizzata nei suoi risultati da decisioni arbitrali quanto meno discutibili: abbandona i sogni scudetto perdendo in casa con la Juventus rimanendo in dieci per la dubbia espulsione di Cravero, esce dalla Coppa Uefa a Dortmund solo all'ultimo minuto con un gol di Riedle che perfeziona in rete una punizione invertita che aveva provocato anche l'ingiustificata espulsione dell'argentino Chamot, viene eliminata dalla Coppa Italia in semifinale dalla Juventus dopo una partita condotta dal primo all'ultimo minuto e giocata per più di un'ora in dieci uomini.

Nonostante tutto i piazzamenti finali rendono giustizia al lavoro del Boemo: la Lazio è seconda in campionato, ottenendo il miglior risultato dallo scudetto del 1974 e raggiunge per la prima volta i quarti di finale di una Coppa Europea.

L'anno seguente raggiunge il terzo posto nel campionato scoprendo al centro della difesa il giovane Alessandro Nesta, futura perla del calcio italiano.

I detrattori del tecnico si fanno avanti scordandosi forse che nella parte cruciale della stagione perde per una lesione ai legamenti di un ginocchio il portiere Luca Marchegiani.

Nelle Coppe il cammino della Lazio non è positivo come l'anno precedente: viene eliminata dalla Coppa Uefa dalla squadra francese del Lione e dall'Inter nei quarti di finale della Coppa Italia.

E' comunque il solito ottimo finale di campionato con due pareggi e sei vittorie consecutive che gli permettono di ottenere la conferma per la panchina biancoceleste.

Il terzo anno della sua storia laziale è forse uno dei più tristi della vita professionale del mister. Poco aiutato dal presidente Dino Zoff ed alle prese con una parte del "gruppo" che non lo segue più,  viene esonerato dal Patron Sergio Cragnotti il 27 gennaio 1997.

I tifosi laziali devono comunque a lui in quell'anno  la scoperta del Ceko Nedved.

L'epilogo della sua storia con la Lazio è tristissimo dal punto di vista umano: la notizia dell'allontanamento gli giunge infatti dai giornalisti mentre sta partecipando a Coverciano all'annuale incontro fra allenatori e capitani delle squadre.

6 Maggio 1997: il presidente della A.S. Roma Franco Sensi convoca Zeman all'Hotel Cicerone e gli propone la panchina giallorossa.

Il mister accetta volentieri l'incarico e si prepara ad affrontare il campionato 1997/98 che dovrà segnare il rilancio della compagine Capitolina.

Il ritiro di Kapfenberg in Austria getta le basi per quella che sarà la più bella stagione della Roma degli ultimi anni.

I tifosi riscoprono la gioia di andare allo stadio divertendosi sicuri di poter affrontare qualunque squadra a testa alta con la certezza di poter vincere su ogni campo.

Chiude la stagione al quarto posto con il miglior attacco della serie A, qualificando così la squadra per la Coppa Uefa. I tifosi nonostante i quattro derby persi, che gli costano anche l'eliminazione dalla Coppa Italia, sono con il tecnico Boemo ed aspettano con impazienza il campionato successivo.

Luglio 1998: scoppia la bomba doping. Il mister parla di calcio che deve uscire dalle farmacie  e dagli uffici finanziari, provocando la scomposta reazione di molti personaggi dell'ambiente che si sentono tirati in ballo dalle dichiarazioni di Zeman.

Tali dichiarazioni gli porteranno non pochi problemi.....quante partite senza rigori durante il campionato successivo!!!!!!!!! Lo stesso vicepresidente del Milan Adriano Galliani a fine stagione dichiarerà che l'unica squadra veramente danneggiata dalle decisioni arbitrali è stata quella giallorossa.

La stagione 1998/99, nonostante una rosa meno competitiva delle dirette concorrenti vede la Roma al quinto posto, ad un punto dalla quarta ed a due dalla terza posizione che avrebbero garantito l'ingresso in Champions League. E' sempre della Roma il miglior attacco della serie A e solo un arbitraggio scandaloso nega ai giallorossi la semifinale di Coppa Uefa. Il tecnico inoltre si prende anche la  rivincita nei derby, vincendo 3-3 (il quarto gol di Delvecchio è inspiegabilmente annullato) l'andata e 3-1 quello di ritorno, ripagando così la fiducia incondizionata del pubblico romanista.

Si devono a lui la definitiva consacrazione di un campione come Francesco Totti, la nazionale per giocatori come Damiano Tommasi, Eusebio Di Francesco, A.C. Zago, l'esplosione di Luigi Di Biagio e la pioggia di gol di Marco Delvecchio che risulterà il miglior realizzatore italiano della stagione.

Maggio 1999: finisce inspiegabilmente la storia fra Zdenek Zeman e l' A.S. Roma.

Il mister dichiarerà di sentirsi molto deluso, forse più che dopo l'esonero della Lazio.......

6 Ottobre 1999: Zeman viene contattato dal presidente del Fenerbahçe Aziz Yildimir che lo vuole leader della sua squadra. Abituato a stupire come al solito il Mister anche questa volta non si lascia sfuggire l'occasione......ed il contratto di otto mesi viene firmato prima che quasi ce ne potessimo accorgere. Una nuova sfida quella del Boemo, una sfida tanto ardua quanto stimolante quella alla guida dei Gialloblù Turchi.......Zeman, d'altra parte, non può e non deve stare lontano dal Calcio.

L'esordio è una sconfitta fuori casa contro il Trabzonespor, sconfitta che i giornali locali non esiteranno a definire "vittoria in campo", visto l'entusiasmo della squadra e il gioco spumeggiante che Zeman ci ha abituato a vedere, "sconfitta per colpa dell'arbitro", visto lo scandaloso comportamento di quest'ultimo. A seguire: una serie di partite con vittorie, pareggi, qualche sconfitta (ma comunque sempre gran bel gioco!); la curiosa saga che ha accompagnato i rinvii del derby turco (per voler del Galatasaray!); qualche altro problemino e dopo tre mesi le dimissioni.

16 Giugno 2000: Presentazione di Zeman alla Società Sportiva Calcio Napoli. Il mister torna così in Italia per allenare la neopromossa squadra partenopea. La speranza è quella di rendere alla neopromossa il valore passato. Le premesse tuttavia non sono delle migliori: dei giocatori chiesti dal Mister ne arrivano ben pochi ed alcuni a ritiro ormai ultimato. Il precampionato fa intravedere sprazzi di bel gioco, ma è la voglia dei giocatori quella che manca; molti sono infatti i giocatori che già dal ritiro davano segni di insofferenza. L'esordio in Coppa Italia vede la sconfitta degli azzurri, ma mancavano i permessi per molti dei nuovi arrivi (a giochi fatti ci chiediamo se sia stato solo un caso...). La prima partita di campionato contro la Juventus ci offre un gioco spumeggiante e solo una magia di Del Piero nega al Napoli di raccogliere punti e soprattutto morale. La trasferta di Milano contro l'Inter denuncia la scarsa competitività della rosa per affrontare un campionato di serie A, ma con il lavoro del Mister tutto sarebbe possibile! Sono però le partite successive a segnalarci come i veri problemi del Napoli siano altri. I risultati del campo sono poco importanti, quello che conta sono gli strani giochi che si compiono in società: mezzi esoneri, fiducia a tempo, ingerenze varie, per finire con la sceneggiata di Perugia dove, dopo un pareggio strappato da una delle future squadre rivelazione del campionato, anche grazie ad un dubbio rigore a favore degli umbri, la società decide di interrompere il rapporto di lavoro con Mister Zeman facendo anticipare le sue decisioni da un gruppo di tifosi "molto vicino" ai vertici societari.

2 Luglio 2001: Presentazione di Zeman alla Salernitana. Numerose sono state le offerte giunte al Mister durante il periodo di "silenzio" che ha seguito l'esonero da parte della società partenopea, ma Zdenek ha deciso di ricominciare ad "allenare" ed "insegnare calcio". Riparte dunque da Salerno il suo viaggio nel mondo del calcio, da una società che ha piena fiducia nelle sue capacità, da un gruppo di ragazzi che hanno voglia di lavorare, di imparare e di giocare.........

13 Agosto 2001: Esordio ufficiale del Mister sulla panchina granata. L'avventura del tecnico di Praga con la Salernitana inizia nel migliore dei modi 3-0 al Catania in Coppa Italia e 2-0 contro la Sampdoria nel Campionato di serie B. La stagione continua con alti e bassi, ma una seconda parte di stagione fa pensare ad un finale a sorpresa con una possibile lotta per la serie A, traguardo non preventivato ad inizio anno. Sono le ultime partite dell'anno a far tramontare questo sogno, non senza qualche rimpianto e molti dubbi....Nonostante tutto la Salernitana chiude con un ottimo sesto posto, il terzo attacco del campionato e si pensa di aver gettato le basi per un campionato di vertice nella stagione successiva.

14 Giugno 2002: Dopo alcune incertezze, dovute alla necessità di chiarire le strategie della società, Zdenek Zeman decide di continuare l'avventura a Salerno per raggiungere l'obiettivo che si era prefissato un anno prima. Si parte per il ritiro ma al contratto manca ancora la firma.

Estate 2002: Nonostante alcune divergenze con la società relative all'organico, ai campi d' allenamento e ai programmi da seguire, Zdenek Zeman decide di firmare il contratto alla vigilia dell'esordio in Coppa Italia, sperando che tutti i problemi possano essere risolti e che le promesse fatte vengano mantenute.

27 Dicembre 2002: La Salernitana decide di interrompere anticipatamente il rapporto con Mister Zeman. Delle cose garantite a giugno non è arrivato nulla e la sensazione è quella di una storia che era finita già prima di cominciare.

16 Giugno 2003: Zdenek Zeman viene presentato ad Avellino. Sarà la società irpina la squadra con cui il tecnico Boemo tenterà di riproporre il suo calcio spumeggiante.

18 Luglio 2003: Inizia il ritiro precampionato a San Giorgio di Brunico (Bz)

12 giugno 2004: Termina con una sconfitta contro il Catania la sfortunata stagione irpina. La squadra retrocede tra i molti rimpianti per una stagione che avrebbe potuto dare molto di più.

15 giugno 2004: E' dalla Puglia che ripartirà l'avventura del tecnico Boemo nella massima serie del Campionato Italiano. Torna nella regione che lo aveva presentato al grande pubblico con la nascita di Zemanlandia e torna ai colori giallorossi.

29 maggio 2005: Termina con il pareggio per 3 reti a 3 contro il Parma il campionato del Mister in Puglia. Il Lecce si salva tranquillamente ed a molti resta il dubbio che se non ci fossero stati episodi poco chiari, confermati successivamente dalle intercettazioni che daranno il via a Calciopoli, la stagione avrebbe avuto un’altra storia.

5 marzo 2006: Ricomincia l'avventura con il calcio giocato. Mister Zeman riparte da Brescia.

21 giugno 2006: Torna ad allenare il Lecce il tecnico boemo Zdenek Zeman.

Natale 2006: Il Lecce decide di interrompere il rapporto di lavoro con il tecnico boemo.

17 giugno 2008: Zdenek Zeman e' il nuovo allenatore della Stella Rossa di Belgrado. Il contratto è stato firmato in giornata.

Il 20 luglio 2010 Pasquale Casillo e altri imprenditori riacquistano il Foggia richiamando come allenatore Zdenek Zeman.
Il nuovo Foggia targato Zdenek Zeman conclude la stagione al sesto posto con il miglior attacco.

Il 21 giugno 2011 Zeman diventa l'allenatore del Pescara, in Serie B. Il 20 maggio 2012 al termine di una galoppata entusiasmante riporta la squadra abruzzese in Serie A dopo diciannove anni, vincendo il campionato. La squadra adriatica totalizza 83 punti in 42 partite, vincendone 26, pareggiandone 5 e perdendone 11. Le vittorie conseguite in trasferta sono 12. La sua squadra realizza 90 gol (miglior attacco del campionato).

Il 2 giugno 2012 annuncia il ritorno sulla panchina della Roma. Il 2 febbraio 2013, dopo la sconfitta interna contro il Cagliari si interrompe il rapporto con la squadra giallorossa.

Il 2 luglio 2014 Zdenek Zeman diventa l'allenatore del Cagliari.

Il 23 dicembre viene sollevato dall'incarico, cinque giorni dopo la sconfitta subita in casa dalla Juventus per 1-3. Il 9 marzo 2015, dopo dieci partite, torna sulla panchina della squadra sarda in sostituzione di Zola. Il 21 aprile 2015, dopo quattro sconfitte consecutive, si dimette da allenatore degli isolani.

Il 14 giugno 2015 firma per il Lugano, neopromosso nella Super League svizzera, guidandolo al nono posto finale e alla salvezza in campionato e alla finale di Coppa Svizzera, persa contro lo Zurigo.

Il 17 febbraio 2017 viene ufficializzato il suo ritorno come allenatore al Pescara. Il 4 marzo 2017, nella gara contro la Sampdoria, raggiunge quota 1000 panchine in carriera tra i professionisti. Il 4 marzo 2018 il Pescara decide di interrompere il rapporto lavorativo con il Mister.

Il 26 giugno 2021 firma un contratto che lo riporta per la quarta volta ad allenare il Foggia. Il 7 novembre 2021 tocca quota 1000 panchine con squadre italiane nel 3-0 contro la Paganese. A fine stagione chiude il campionato in settima posizione qualificandosi per i play-off, dove arriva al primo turno della fase nazionale.